2011年6月22日，国家税务总局下发《关于企业国债投资业务企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2011年第36号，以下简称“36号公告”），对国债投资有关企业所得税问题作了界定，该文件是国债投资所得税的重大利好文件，试对该文解读如下。
目前我国的国债分为记账式、不记名式、凭证式三类，其中记账式和不记名式允许流通转让，记账式国债在沪深两市交易转让，凭证式国债只能到规定的兑付点提前兑付，不允许流通转让。记账式国债和不记名式国债在到期日之前转让国债取得的收入中，包含了国债转让所得和未到期兑付应计利息两个部分，未到期兑付应计利息收入是否可视为《企业所得税法》中规定的免税收入，是最近几年国债利息所得税政策争议的焦点，36号公告规定的核心含义在于国债持有期间未兑付的利息收入允许作为免税收入。
例如，2009年7月1日，A公司以1050万元在沪市购买了10万手XX记账式国债（每手面值为100元，共计面值1000万元），该国债起息日为2009年1月1日，年末12月31日兑付利息，票面利率为5%。2009年10月1日，该公司将购买的国债转让，取得转让价款1100万元。
A公司购买国债成本的确定：不考虑相关税费的情况下，国债投资成本为1050万元。
A公司国债利息收入的认定：根据36号公告，在兑付期前转让国债的，企业应在国债转让收入确认时确认利息收入的实现。因此，A公司应在国债转让时确认利息收入的实现。国债利息收入=1000万×5%×1/4=12.5万元，该项利息收入免税。
A公司国债转让所得的确定：国债投资转让所得=1100-12.5-1050=万元=37.5万元。
在实际操作中，企业可以从以下6个方面理解该文件。
一、国债持有期间应计利息免税是企业投资国债重大利好
《企业所得税法实施条例》第十八条规定：利息收入，按照合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现。
严格按照此规定，以上例子中，A公司的国债投资转让所得应简单计算为1100-1050=50万元。即意味着A公司收到价款中包含的12.5万元利息部分也确认为国债投资转让所得计税了。而36号公告则将未兑付利息12.5万元部分确认为免税收入，只对其余部分37.5万元确认为国债投资转让所得计税，税负差异明显。
实际上，早在2002年2月28日，《财政部、国家税务总局关于试行国债净价交易后有关国债利息征免企业所得税问题的通知》（财税[2002]48号）中就已经明确，国债净价交易中国债的结算价格将由两部分组成，一部分是国债价格（可清晰反映出投资者的资本利得），另一部分是应计国债利息（可真实反映投资者的国债利息收入），在付息日或持有国债到期之前交易取得的利息收入，按其成交后交割单列明的应计利息额免征企业所得税。未实行国债净价交易方式的，仍然只对实际到期的利息收入免税。
但财税[2002]48号文件存在两个问题。第一，只对实行净价交易的记账式国债允许应计利息免税，实行不同交易形式的国债转让政策不平衡；第二，2008年1月1日以后，财税[2002]48号文件已经作废，而《企业所得税法实施条例》规定按照应付利息确认利息收入，应计利息不属于利息收入范畴，自然也就谈不上属于免税收入。
此次下发的36号公告同时解决了以上两个问题，不同交易形式的国债转让均可将未兑付应计利息作为利息收入，可以免税。
二、免税收入仅限企业自行持有期间国债的应计利息
上例中，A公司转让持有国债时，只能将自行持有期间的一个季度期间应计利息收入12.5万元确认为免税利息收入，而不能将转让所得中包含的三个季度的37.5万元全部确认为免税利息收入。
这是因为，尽管A公司取得1100万元转让价款中包含了37.5万元的利息部分，但是由于36号公告第三条规定，通过支付现金方式购买的国债，以买入价和相关税费为国债投资成本。因此A公司购买国债时支付的1050万元价款中包含的25万元利息已经作为国债投资成本在国债转让所得中扣减，不能再次将25万元部分作为免税利息收入。即国债转让所得=1100-1050-12.5=37.5万元。
36号公告规定下的利息转让所得也可以将购入价格1050万元分为两个部分来处理：一是国债投资成本1025万元；二是免税国债利息25万元。由于转让时国债投资成本没有包含25万元的利息收入，因此国债转让时确认的免税利息收入应该为三个季度的37.5万元，国债转让所得=1100-1025-37.5=37.5万元，同36号公告的规定结果相同。
三、实践中不能将国债成本按照全部买价来计算
上例中，A公司2009年7月1日以1050万元购买国债后，立即以1050万元价格卖出。如果以1050万元作为国债投资成本，同时再确认A公司未持有期间的免税利息收入25万元。则国债转让所得=1050-25-1050=-25万元。即形成了25万元可以抵税的亏损。这种错误的做法是由于将未持有期间的应计利息也作为免税利息收入在转让所得中扣减造成的。根据36号公告的规定，由于该公司持有期间未产生利息（最多算1天的利息），因此免税收入为0，国债转让所得-1050-1050=0万元，不能产生抵税亏损25万元。
四、其他债券转让利息仍应按合同规定时点确认收入
36号公告是对国债利息收入在未到期前转让确认利息收入的特案规定，是基于国债利息收入免税政策的特殊规定，由于国债利息收入免征企业所得税，因此将国债利息收入确认时点提前，相当于提前享受了税收优惠，对于企业是利好税收政策。由于其他债券利息没有免征企业所得税政策，无论将转让价款中包含的利息作为财产转让所得，还是确认为利息收入，均应按照25%纳税。因此在其他债券转让中提前确认利息收入对于企业所得税没有任何影响，仍维持按照合同规定应付利息之日确认利息收入的确认时点。
五、国债利息免税是指中国国债利息，购买境外国债利息不得免税
在税务检查中，经常会发现部分企业将购买美国国债实现的国债利息作为免税国债利息收入自行免税，这种做法是错误的。根据《企业所得税法实施条例》第八十二条规定：企业所得税法第二十六条第（一）项所称国债利息收入，是指企业持有国务院财政部门发行的国债取得的利息收入。因此免税的国债利息是指中国发行的国债，不包括购买境外国债实现的利息收入。
六、股权投资转让中的未分配利润、盈余公积不能作为股息红利所得扣减
通过36号公告的解读，我们可以延伸思考一个问题，那就是，与国债投资类似，股权投资转让所得实际也包含两部分，投资转让所得和未分配利润盈余公积。按照现行政策规定，股权投资转让价款中包含的未分配利润、盈余公积部分不允许作为股息红利所得在股权转让价款中扣减。
例如，A公司转让其持有的M公司40%的股权，其初始投资成本为4000万元，转让价格为7000万元，M公司转让前的未分配利润和盈余公积总额为5000万元，A公司享有的份额为2000万元，此2000万元属于未实现的股息红利所得，如果允许扣减该项未实现股息红利所得，则该项股权转让的应纳税所得额为7000-4000-2000=1000（万元），如果不允许扣减应纳税所得额为7000-4000=3000（万元）。在2008年以前，根据国税发[1997]71号文件，允许扣减该项未实现的股息红利，而内资企业根据国税发[2000]118号文件和国税函[2004]390号文件规定，达到95%以上比例的股权转让方允许扣减未分配利润和盈余公积。新企业所得税法实施之后，根据国税函[2010]79号文件和国税函[2009]698号文件规定，股权转让所得一律不允许扣减对应的未分配利润和盈余公积部分。